BC Dzūkija įkurta 2012 metais, įsigijus Vitoldo Masalskio krepšinio centro komandos teisę žaisti NKL lygoje. 2012 - 2013 metų NKL lygos sezone "Dzūkija" iškovojo antrąją vietą. Nuo 2013 metų, perėmus Kauno „LSU-Baltų“ komandos licenziją, "Dzūkija" rungtyniauja LKL lygoje.